A Escola de Mar promove e realiza projectos de investigação científica (fundamental ou aplicada) e todo o tipo de projectos de carácter técnico. As duas principais áreas de trabalho são a biologia e a história e, dentro destas, as áreas científicas são a biologia, a biologia marinha, os mamíferos marinhos, a história, a história das ciências e a arqueologia. Considerando estas áreas, com características próprias mas interligadas entre si em vários aspectos, esta iniciativa caracteriza-se particularmente pela sua interdisciplinaridade.

- Monitorização de cetáceos no âmbito do projecto de monitorização ambiental do parque de ondas da Aguçadoura; projecto contratado pelo Instituto de Oceanografia da Faculdade de Ciências de Lisboa (2007 - a decorrer).

- Estudo da baleação portuguesa no arquipélago de Cabo Verde; projecto contratado por Dr. Tim Smith, History of Marine Animal Populations (2006-2007).